O zelo pela causa de Cristo, seu amor pela Igreja, sua fidelidade no seu ministério pastoral e sua obediência para com o seu Arcebispo, levam Eduardo, injustamente, à dureza da vida privada de tudo e de todos, na prisão, por 3 anos e meio.
Eram diversas as causas de conflito entre o Arcebispo, autoridade máxima da Igreja Católica de Colônia e o Governador do Estado alemão, protestante luterano, conflito esse que envolvia também Eduardo devido à sua atividade. Uma das mais explosivas polêmicas era a divergência entre a Igreja e o Estado no que se refere aos casamentos mistos. Na Prússia vigorava uma lei que determinava que todos os filhos de casamentos mistos deveriam ser educados na religião do pai. Aos sacerdotes era vedado fazer qualquer exigência aos noivos a respeito da educação confessional dos filhos. A Cúria romana tomara uma posição que o governo não deixara publicar. O Arcebispo manteve-se firme nas orientações de Roma, o que provocou um inevitável conflito.
Por esse tempo, a população católica estava entusiasmada preparando o Jubileu de 1.600 anos da padroeira da cidade, Santa Úrsula. O Secretário do Arcebispo, Eduardo Michelis, participou ativamente e empolgado desses preparativos da Festa, que durou uma semana, de 21 a 29 de outubro 1837. Este evento reuniu milhares de católicos, também das cidades vizinhas. Os jornais deram elogiosa cobertura, de maneira que cresceu consideravelmente o prestígio da Igreja e do Arcebispo. Enquanto a popularidade do Arcebispo crescia, a preocupação do governo aumentava. Veio do Governo a ordem que o Arcebispo renunciasse às suas funções em Colônia. Este respondeu nos termos: “Em todos os assuntos civis sou obediente a Sua Majestade, como convém a um súdito fiel, mas não posso deixar de fazer uso do meu direito à liberdade de consciência e de preservar os direitos da Igreja Católica e exercer livremente a autoridade eclesial”. A situação se agravava. E, no dia 20 de novembro de 1837, numa total surpresa, veio à ordem de prisão dos dois. Eduardo descreve este momento: “Quando o relógio bateu 18:00hs, e tudo estava imerso na escuridão, as ruas conduzindo ao palácio foram de repente fechadas por militares. O Arcebispo encontrava-se no gabinete de trabalho; somente seu secretário estava com ele. Na casa não se ouvia nenhum ruído. Repentinamente a porta do gabinete foi aberta com violência e quatro homens se precipitaram para dentro, cercando o Arcebispo. Eram o presidente Bodelschwingh, uniformizado, com espada na cintura, e três altos funcionários do governo”. Foram apresentadas ao Arcebispo duas opções: retirar-se voluntariamente para Münster ou ser levado à força para Minden. O Arcebispo, chocado e tremendo, respondeu apenas: “O bom pastor não abandona o seu rebanho”. Perguntado se queria um acompanhante, o Arcebispo respondeu: “Só o meu secretário e capelão”. A resposta foi: ‘Isto lhe será concedido!’. O Arcebispo não suspeitou de que Michelis ficaria separado dele. O carro que levou o Arcebispo seguiu rumo a Minden pela direita do rio Reno, enquanto que Michelis foi levado pela margem esquerda do Reno.
Eduardo Michelis, não viu mais seu Arcebispo, nem em Minden, nem em lugar ou tempo algum de sua vida. Foi uma separação definitiva.
Em Minden, Eduardo pode receber visitas de pessoas conhecidas e amigos. Após uma semana de prisão, tornou-se claro para o poder público que não seria conveniente deixar Michelis por muito tempo na mesma cidade de seu Arcebispo. Pois, os visitantes poderiam mediar recados entre os dois presos. Isto tornaria o caso sempre mais conhecido em Colônia, e poderia levantar “mais poeira”, o que tornaria a situação perigosa.
Em 31 de dezembro, um mês e 10 dias após sua chegada em Minden, Eduardo foi transferido para Magdeburgo, longe da região Renânia. Lá dificilmente receberia visitas. Foi o que aconteceu.
Nenhuma visita lhe foi concedida, nem mesmo de sua mãe. Sentia-se só e isolado de todos. Este isolamento o fez sofrer muito. Cortado radicalmente do convívio de seus numerosos amigos, da livre comunicação com eles ao menos por correspondência, o que também lhe era interdito, encontrava só em Deus amparo e força. Seu Diário comprova esse sofrimento: “Hoje estive na igreja. Oh, como eleva essa comunidade fraterna em Cristo! Como me fez bem ouvir de novo uma homilia, já que aqui nada ouço senão a voz do carcereiro, o comando dos soldados e o tinir das correntes”!
Eduardo ocupava-se, o dia inteiro, com exercícios de piedade, com estudo de línguas e trabalhos de teologia e exegese. Estudou as cartas de São Paulo e meditava, diariamente, a Palavra do Evangelho. Hauria sua força, paz, conforto e alegria dessa constante ocupação com o sobrenatural. O que mais lhe causava dor e sofrimento era a impossibilidade de celebrar a Eucaristia. Seu amor pela Igreja também o fazia sofrer.
Após dois anos, no “tabernáculo” de Magdeburgo, como ele designava a sua prisão, Eduardo percebeu um movimento diferente entre os ministros e o rei; eles tentaram ver as razões de sua prisão. Não encontrando motivos merecedores de condenação, a não ser a influência que ele teve e poderia ter adiante sobre o seu Arcebispo, os ministros procuraram propor a ele uma liberdade relativa, não podendo, no entanto, voltar para sua terra, Münster. Eduardo, ele mesmo, escreveu ao rei e, ministros, deixando clara a sua posição de liberdade que lhe foi impedida sem razões e causas e expresso, seu grande desejo e dever de voltar com a mãe e o irmãos que dele estavam precisando. Esta declaração de Eduardo não foi aceita. As autoridades decidiram, sim, transferi-lo para Erfurt com mais possibilidades quanto à sua vivência externa e também de estudos.
A transferência para Erfurt se deu em 1º de abril de 1840. Este é o seu “terceiro tabernáculo”, que vai durar mais um ano inteiro. Sua saúde, já debilitada, se agrava sempre mais.
Apesar de inocente, Eduardo não se rebela, não alimenta revolta ou raiva. Sereno, aguenta as privações e a dureza da vida na prisão como Cristo no alto da Cruz.
